ท่านพระครูวิชาญศาสนคุณ ยังมีโครงการที่จะพัฒนาอีกหลายด้านและหลายโครงการ แต่ก็เป็นที่น่าเสียดายเป็นอย่างยิ่งว่า ความไม่จีรังยั่งยืนของสังขารมาบั่นทอนโครงการเหล่านั้น ท่านพระครูวิชาญศาสนคุณ ได้มรณภาพเมื่อช่วงบ่ายสามโมงเย็นของวันที่ ๑๖ พฤษภาคม ๒๕๔๙ ภายในกุฏิเจ้าอาวาส ด้วยอาการเส้นเลือดในหัวใจและสมองแตก ได้ทำพิธีพระราชเพลิงศพของท่านเมื่อวันที่ ๙ มีนาคม ๒๕๕๑
ต่อจากนั้นคณะศรัทธาประชาชน ได้อาราธนาท่านพระครูโสภณเจติยาภิบาล จากวัดเจดีย์หลวง จังหวัดเชียงใหม่ มาดำรงตำแหน่ง รักษาการเจ้าอาวาสวัดหนองดู่ เจ้าคณะตำบลบ้านเรือน (ธ) เป็นผู้สืบสานสร้างงานต่อและก่องานใหม่จากพระครูวิชาญศาสนคุณ เพื่อให้วัดหนองดู่เป็นศูนย์รวมจิตใจของคณะศรัทธาประชาชนชาวบ้านหนองดู่ ดังเช่นพระเถรานุเถระในอดีตได้กระทำมาแล้ว